本所教育目標強調培育為國家制定海洋政策及為海洋產業服務之專業人才，因此在師資規劃與課程訂定均配合此教育目標而制訂。

本所的教學課程分別為：

一、共同必修課程（專題研究、海洋事務總論、論文研究）;
本所學生來源十分多樣化，有（海洋）自然科學、法政社會科學，甚至語文學系畢業之大學生，為使本所每一位畢業生均有齊一且符合海洋政策/事務專業需求之基礎，故而有「共同必修課程」之設計與安排。

二、共同必選課程（海洋學導論、社會科學研究方法）;

三、實務選修（海洋事務實習）;
在課程分流之理念下，為使那些在取得碩士學位之後，即將就業之學生，能在求學階段中即獲得就業之準備，而在暑期間開設之選修課程。學生可在本所安排下，至公、私部門之機關或機構進行實習，並由實習單位主管予以考評，學生則需繳交實習報告，由指導教授或所長評定實習成績。

四、專業選修課程模組（curriculum package）分為海洋法律與政策、海洋外交與治理、水下文化遺產、永續海洋與漁業、藍色經濟與海岸空間規劃及環境變遷與調適等六個課程模組或六大專業區塊，讓學生可依自我興趣，適性地追求一己的專業訓練與發展。

海洋法律與政策
由國際法及公共政策兩個基礎課程出發，提供學生對「一九八二年聯合國海洋法公約」及「海洋政策」之暸解，並讓學生獲得必要的背景知識與技巧，以解決海洋相關之政治（策）與法律議題，為未來深入鑽研或投入政府部門之工作而奠基。
海洋外交與治理
係同時由學理面及實務面之角度出發，以國際法、外交及國際組織等學術領域為基礎，探討與研究如何處理國家涉及海洋外交及治理之相關事務，並讓學生獲得必要的背景知識與技巧，為未來深入學術研究領域或投入政府部門之工作而奠基。
水下文化遺產
在國際法以及海洋法的基礎知識上，進一步針對水下文化遺產此一跨領域、專門性且日漸重要的議題，透過切入其四個主要面向，包括國際水下文化遺產法、國內相關法令、保存保護與管理、再利用等，建立學生對於水下文化遺產治理的基礎認識，並學習運用此等法政工具於未來研究或實務工作等領域，藉以貢獻於國家重要海洋事務之推動，以及我國相關海洋法政權益之主張與維護。
永續海洋與漁業
海洋生態系提供人類支持/調節/供給/文化等四方面的功能或服務(services)，近代未適當規劃和管理的海洋利用（特別是漁業），已顯著降低這些功能或服務的價值，並使之無法永續。本課程屬應用科學，將從空間規劃（含保護區）和管理的角度，提供學生推動海洋及漁業永續利用的知識與方法，作為未來進入公部門、民間或非政府保育組織工作之基礎。
藍色經濟與海岸空間規劃
以資源經濟學及海洋空間規劃課程為基礎，建立學生的海洋資源經分析能力，再融入海洋空間規劃之管理工具，讓學生在紮實的經濟學背景知識與海洋治理技巧下，為未來有機會投入我國永續海洋治理之科學研究或公務推動而奠基。
環境變遷與調適
藉由全球氣候變遷對海洋環境、海洋生態、乃至人類文明的影響衝擊，分析島嶼民族的傳統知識及現代科學管理的不同視野，探索古今人類氣候變遷調適策略的認知差異，建立海洋治理人才兼具島嶼文明史觀與現代科學知識的調適策略規劃能力。

在以上四項目中，共同必修、必選課程為專業核心中的核心，以下詳細說明這些核心課程所培養學生之能力。

「專題討論」課程旨在藉由社會科學研究方法之導入，向修課學生介紹「社會科學」與「自然科學」之本質與差異、如何擬定論文題目與定義問題、蒐集與研析相關資料、及社會科學學術論文之撰寫格式，以培養學生學術論文之研讀能力。此外，在完成前述基本課程訓練後，學生將進行短篇學術論文之研讀與口頭報告等實務練習。
「海洋事務總論」課程旨在使海洋事務／政策相關領域之研究生在其入門之際能對「海洋事務」之內涵有一總體性之瞭解，並可藉此在面對未來修課、論文題目選擇及海洋政策/事務專業領域之追求時，有一方向感與判斷基礎。
「海洋學導論」課程目標在於使進入本所之研究生能對海洋政策或海洋事務研究之「標的」的物理環境（即海洋）有一基礎之認識，而要求所有學生均必須修習本課程。
「社會科學研究方法」課程為本所研究生學習社會科學之入門基礎課程，藉由系統性地介紹研究的本質、研究的設計、操作的模式、資料的分析與報告的撰寫方法，豐富同學之研究基礎知識，提升學生對社會科學文獻的鑑賞及批判能力外，並透過適當的研究案例研討，加強學生之應用能力，奠定學位論文與後續規劃與設計獨立研究的重要基礎，增進從事社會科學研究的基本能力。
「論文研究」課程為研究生在指導教授指導下，針對其碩士學位論文進行有關研究與論文寫作方面的認識與練習，瞭解科學研究的過程、釐清量化研究與質化研究的區別及優缺點、閱讀分析相關的文獻、撰寫研究報告等。

在奠定基礎之後，研究生需完成一篇碩士學位論文，使學生在論文研究過程中，能學會獨立思考、判斷、組織、統合與解決問題的能力。本所透過上述核心課程之教學與訓練，以培育通曉理論與技術，並能獨立研究或解決政策與實務問題之人才。經過此一過程之訓練，本所期望所有畢業生均能達到前述海洋科學學院對培育學生基本素養與核心能力之要求。